Histoire - Groupe monophyletique

Groupe monophylétique.

Histoire des humains ou la monophylie

Quelles sont les origines des humains ? Existe t-il une Histoire fiable nous donnant une explication claire. Nos croyances, en partie influencée par notre culture judéo-chrétienne nous disent que nous avons été créés. Les historiens nous disent que nous sommes le fruit d’une lente évolution. Que notre espèce est un groupe monophylétique. Sur quoi se basent-il ?

De nombreuses théories

La monophylie (ou plus rarement l’holophylie ou encore la monophylie stricte), du grec μόνος (monos) « seul » et φῦλον (phulon) « tribu », est la caractéristique d’un groupe qui contient l’espèce souche dont descendent tous ses membres. Un groupe monophylétique est appelé aussi un clade.

La monophylie au sens le plus popularisé et aujourd’hui majoritairement utilisé a été définie par Willi Hennig. Un groupe monophylétique désigne un ensemble de taxons partageant une synapomorphie. C’est-à-dire le groupe regroupant une espèce ancestrale unique ainsi que la totalité de ses descendants.

De nos jours, il y a impossibilité à trouver une Histoire fiable de l’homme. De nombreuses théories sont présentées. Elles rendent cohérentes les constatations des biologistes sur la faune et sur ses origines. Mais rien ne vient conforter ces théories.

Histoire - La monophylie vue par Willi Hennig

Willi Hennig.

La monophylie au cœur de la biologie moderne

Le concept de monophylie se trouve au cœur de la biologie moderne. Malgré de nombreux efforts pendant de nombreuses années, d’importantes questions restent sans réponse. Que ce soit sur le concept lui-même que sur ses diverses applications.

4 applications

    1. Est-il possible de définir de manière opérationnelle monophysaire, les structures des génomes. Définir les niveaux des catégories phylogénétiques les plus élevées (règnes, phyla, classes) ?
    2. Les structures mosaïques et chimériques des génomes peuvent-elles être suffisamment importantes. En tant que facteurs de la physiogenèse ? Pour se rendre compte des situations dans lesquelles ce concept pourrait ne pas s’appliquer ?
    3. Dans cette Histoire de la vie sur terre, y a-t-il eu d’importants groupes d’organismes ayant probablement des origines polyphylétiques ? Ou y a-t-il eu plutôt des monophylétiques ?
    4. La recherche d’origines monophylétiques de clades conduit-elle à une réduction des options acceptables pour le développement de scénarios évolutionnaires. Et parfois même à une omission de considérer des types moins classiques de données au détriment de la compréhension biologique ?

Introduction

La théorie d’une histoire commune (concept de la monophylie des groupes d’organismes) en est un élément fondamental. Il s’avère presque universellement accepté par la biologie moderne. Le stade actuel, du développement conceptuel du nouveau champ de la génomique évolutionnaire comprend des cadres monophylétiques. On y trouve en mode par défaut:

  • Henikoff 1997.
  • Tatusov 1997.

L’identification et la caractérisation de groupes monophylétiques d’organismes sont une préoccupation majeure des chercheurs. Ils travaillent dans les domaines de la systématique évolutionnaire et physiologique. Les approches cladistes de la classification sont des entreprises qui ont construit l’idée d’origines monophylétiques de groupes d’organismes.  Jusqu’à et y compris l’Arbre universel de vie pour tous les organismes.

  • Forey 1992.
  • Runnegar 1992.
  • Panchen 1992.
  • Benton 1995.
  • Nielsen 1995.
  • Baldauf 1996.
  • Doolittle 1996.
  • Huelsenbeck 1996.
  • Wray 1996.
  • Hillis1997.
  • Huelsenbeck.
  • Rannala 1997.
  • Kenrick et Crane 1997.
  • Maley et Marshall 1998.

Des travaux récents sur l’invasion des terres par les organismes (Gordon et Olson 1995) ont soulevé une question. Il s’agit de la mesure dans laquelle cet engagement au concept de la monophylie est souhaitable théoriquement ou pratiquement.

Des questions non résolues

Il peut s’agir de compromis et d’arbitrages sérieux qui ne s’explique généralement pas. Ils s’avèrent souvent peu visibles et ils ont le potentiel d’avoir un impact négatif sur les processus de la recherche évolutive. Ils peuvent même produire des conclusions erronées. Il reste d’importantes questions non résolues en ce qui concerne les définitions opérationnelles du terme. Celles-ci semblent les plus apparentes. Que ce soit au niveau du génomes des organismes qu’au niveau des catégories les plus élevées (royaumes, phyla, classes). Il existe de multiples nouvelles sources de données. Il y a également un nombre suffisant de cas clairs dans lesquels les interprétations monophylétiques ne font pas l’unanimité. Dans certains cas elles s’avèrent aussi intenables. Par conséquent, le moment se trouve bien choisi pour réévaluer ce que nous entendons par bymonophilie. Certaines situations rendent l’applicabilité du concept manifestement impossible.

Bymonophilie

  1. On fait actuellement une réévaluation des principales caractéristiques du concept et de certaines de ses applications. Des résultats de recherche récents font qu’il semble improbable qu’il ait pu exister des formes basales uniques. Et cela pour nombre des catégories les plus élevées de différenciation évolutive (règnes, phylums, classes). L’arbre de vie universel a probablement de nombreuses racines. Les faits contribuant à cette perception incluent les occurrences phylogénétiquement étendues de:
    1. Transferts horizontaux de plasmides.
    2. De génomes viraux et de transposons.
    3. Duplications génomiques multiples.
    4. L’existence et les propriétés d’un grand nombre de familles de gènes et de familles de protéines.
    5. Plusieurs symbioses.
    6. Hybridations à grande échelle.
    7. homoplasys multiples.
  2. Ensuite, les justifications sont réévaluées pour l’application de cadres monophylétiques à deux développements évolutifs majeurs. Elles sont en général interprétés comme ayant été monophylétiques :
    1. Les origines de la vie.
    2. Et celles des tétrapodes des vertébrés.
  3. Dans les deux cas, les hypothèses polyphylétiques sont aussi plus probables que les hypothèses monophylétiques. Les réponses principales aux quatre questions posées ci-dessus sont donc les suivantes:
    1. Probablement pas,
    2. Oui,
    3. De nouveau oui
    4. Et oui.

Histoire - ERICK de NOAILLES